Esta unidad presta apoyo paleontológico a los proyectos de cartografía geológica básica por medio de la identificación de fauna, flora y huellas fósiles recolectadas u observadas en terreno, a las que asigna edades, cuando es posible, relativas a las rocas que los contienen, para las que se evalúa, además, su significado paleoambiental.
Los paleontólogos de la institución mantienen proyectos de investigación en taxonomía de macroinvertebrados fósiles, en especial en ostras y otros grupos de bivalvos, destinados a conocer su diversidad e incrementar el conocimiento y aplicación biocronoestratigráfica de las especies o taxones estudiados, lo que es dado a conocer en publicaciones y reuniones científicas.
Otra actividad central consiste en llevar a cabo el registro digital y la conservación física de los fósiles que componen la Colección Paleontológica institucional. Estos bienes avalan la información contenida en los productos de la cartografía geológica nacional, permiten su reanálisis y comparación con nuevos datos o hallazgos, y han sido o pueden ser utilizados por profesionales del Servicio y especialistas nacionales y del extranjero para generar nuevo conocimiento geológico y paleontológico.
